تتعرض قطعان الأغنام للإصابة بالعديد من الطفيليات والأمراض. ومن الأمراض الشائعة بينها تحلُّل الأقدام، والتهاب الفم. كما تُعاني الأغنام الطفيليات الداخلية، من مرض يُعرف باسم جَرَب الأغنام والذي يُسببه القُرَاد والحَلَم.
ويُسبِّب مرض الحكة، وهو مرض فيروسي، جسيمات مجهرية تُسمى البريونات. ويشبه هذا المرض كثيرًا مرض الماشية المعروف باسم التهاب الدماغ الإسفنجي البقري. وكثيرًا ما تُهاجم بعض الحيوانات المفترسة والذئاب قطعان الأغنام وتقتلها.
وقد يهجم ببغاء كِيَا النيوزيلندي بمنقاره الحاد المقوس على الأغنام، ويسبب لها جروحًا عميقة قد تتحول إلى قُرَوح مفتوحة.